優點：

1、分辨率高，光學顯微鏡的分辨率為0.2μm，透射電子顯微鏡的分辨率為0.2nm，也就是說透射電子顯微鏡在光學顯微鏡的基礎上放大了1000倍。

2、透射式電子顯微鏡常用于觀察那些用普通顯微鏡所不能分辨的細微物質結構；掃描式電子顯微鏡主要用于觀察固體表面的形貌，也能與X射線衍射儀或電子能譜儀相結合，構成電子微探針，用于物質成分分析；發射式電子顯微鏡 用于自發射電子表面的研究。

缺點：

1、在電子顯微鏡中樣本必須在真空中觀察，因此無法觀察活樣本。隨著技術的進步，環境掃描電鏡將逐漸實現直接對活樣本的觀察；

2、在處理樣本時可能會產生樣本本來沒有的結構，這加劇了此后分析圖像的難度；

3、由于電子散射能力極強，容易發生二次衍射等；

4、由于為三維物體的二維平面投影像，有時像不**；

5、由于透射電子顯微鏡只能觀察非常薄的樣本，而有可能物質表面的結構與物質內部的結構不同；

6、超薄樣品（100納米以下），制樣過程復雜、困難，制樣有損傷；

7、電子束可能通過碰撞和加熱破壞樣本；

8、此外電子顯微鏡購買和維護的價格都比較高。